中華人民共和國教育部直屬高等學校指由中華人民共和國教育部直屬管理的一批高等學校，是中央部門直屬高等學校的重要組成部分。

由中華人民共和國教育部直接管理一批高等院校，目的是在探索改革上先走一步，在提高教學、科研和社會服務等方面發揮示范作用。經過世紀之交全國高校管理體制的調整，一批實力較強、學科特色鮮明的高校均劃歸教育部直屬管理，建國以來國家歷次所確定的全國重點大學多為教育部直屬高校。